国会复会时全体议员合影
1916年8月1日，参众两院议员在北京众议院举行开幕式，名称为国会第二次常会，到参议员众议员456人。会场中，“议员彼此握手，频语寒暄”，对国会的恢复，“不胜悲喜交集”。黎元洪、段祺瑞及其他在京阁员均出席。
政府交议议案有：（1）阁员的追认；（2）副总统的选举；（3） 各种法律的修正；（4）宪法的制定；（5）民国六年度的预算案。其中制定宪法最重要，而人们所最关心的，则是追认阁员和选举副总统问题。南方国民党议员，主张先选举副总统，再行追认阁员，想选段祺瑞为副总统，将内阁总理一席留给唐绍仪，避免“武人内阁”。政府意见，以为“国会倘能先将内阁承认一项解决，则中央行政基础即可以兹巩固”，内阁总理以段祺瑞担任“决能称职”。
段祺瑞则说：“近闻外间有人主张举余为副总统，余实感激，但陆军总长苟无相当继任之人，恐不足收统驭全局之效；即总理一席，尤非南方允孚不可。余虽驽下，自愿早避贤路，然遇万不得已时，亦断不以维持之责诿之他人。余意两年以内，为收拾难局最紧要之关头，过此则主持之人较易为力矣。”还声称：“某以国事为重，但使贱躯可以勉支，亦断不肯撒手而去。”言下之意，决心任总理，唐绍仪则表示，他既坚辞外交总长，更绝无想出任国务总理的意思。
8月21日，众议院开会，到413人，已足法定人数，由副议长陈国祥主持会议，宣布本日第一议案为《特任段祺瑞为国务院总理咨请同意案》。黎元洪代表黎澍陈述理由说：“大总统依约法第三十四条特任（段祺瑞）为国务总理，咨请追认。查段氏在民国成立之初，厥功甚伟，虽属军人，而于政治经验甚富。当民国二年时，曾代理国务总理，成效昭著。当帝制发生时，极力反对。民国恢复，大局多赖维持。兹特任为国务总理，尚希表示同意。 ”结果同意票407票，不同意票7票，以绝对多数通过。会后黎元洪立即通电各省知照。23日，参议院又以187票对6票的绝对多数通过。